Como respuesta a todos los cambios nacionales, el gobierno dicta el Decreto 1266 del 24 de junio de 1994, en el cual como desarrollo del numeral 6 del artículo 248 de la Ley 100 de 1993, se dan las normas para el Sistema de Salud de las Fuerzas Militares y de la Policía Nacional, y emite el Decreto 1301 del 22 de junio de 1994, por el cual se organiza el Sistema de Salud de las Fuerzas Militares, de la Policía Nacional y del personal civil del Ministerio de Defensa y del personal no uniformado de la Policía Nacional, así como del de sus entidades descentralizadas, se crea el Instituto de Salud de las Fuerzas Militares, como establecimiento público del orden nacional, con persone ría jurídica, autonomía administrativa y patrimonio propio, con capacidad legal para ser sujeto de derechos y obligaciones.
