En Octubre de 1.818, antes de decidirse a operar sobre la Nueva Granada, Bolívar había designado al médico cirujano de la Universidad de Edimburgo, Jhon Robertson, Director General de hospitales de las provincias libres de la Nueva Granada.
Posteriormente en el Congreso de Angostura en 1.819, se impulsó el Servicio de Sanidad Militar, aprovechando para esto, la colaboración de todos los médicos cirujanos y boticarios. De esta forma, en la Nueva Granada, los hospitales militares fueron en realidad los hospitales de las poblaciones, convertidos en lugares de atención para los militares, cuando simples chozas y casas grandes eran improvisadas como tales. En 1.875 existían dos hospitales militares uno en Bogotá y otro en Panamá. El primero de ellos reunía todas las condiciones de salubridad y el segundo no. El médico
Manuel Plata Acero fue nombrado en este gobierno como el inspector de los Hospitales Militares de la República y la Dirección del Hospital Militar de Bogotá quedó bajo el cuidado de las hermanas de la caridad. El Hospital Militar del Ejército, contaba en el año 1.887, con el Doctor Aparicio, tres practicantes, ocho hermanas de la caridad y una sala de cirugía, aunque sin dotación e instrumentos, y graves problemas sanitarios por la llegada a él de aguas negras, esta situación duro hasta 1.890. A lo largo del siglo XIX, la Sanidad Militar no registro avances visibles, mas bien tuvo un periodo de decadencia, los servicios hospitalarios se prestaban en las ciudades próximas a los campos de batalla y los ejércitos eran acompañados por agrupaciones sanitarias, sin organización definida y con sujeción a la disponibilidad de personal y elementos. Prevaleció la crisis política y el desarrollo científico médico, hasta que se encuentran nuevamente la guerra y la ciencia médica en el conflicto de los mil días en 1.899. En 1.900 se mantuvieron dos hospitales Militares en Bogotá, para atender enfermos y heridos; el de Santa Bárbara y el Central que funcionaba en un edificio al lado del actual camarín del "Carmen", este último no contaba con las condiciones necesarias exigidas para su funcionamiento.