A finales del Siglo XV los españoles llegan a América con la experiencia de varias luchas en la península ibérica contra los musulmanes, creando los hospitales Militares y de Campaña, teniendo claro el concepto de logística y asistencia a los enfermos.
Desde entonces, los reyes católicos habían reglamentado que cada expedición militar tuviese la presencia de un médico y un farmaceuta, es por eso que en el segundo viaje de Colón viene el cirujano
Pedro Alvarez Charca y en las expediciones posteriores otros médicos hicieron parte del equipo de batalla. Durante esta época, las enfermedades tuvieron gran influencia en el desenvolvimiento de la historia y fueron elementos decisivos en la conducción de las operaciones militares. El descuido en las condiciones sanitarias de las tropas, creó un ambiente propicio para el desarrollo de las enfermedades en los combatientes. A principios del siglo XVII entre 1.602 y 1.603, llegaron a Cartagena los Hermanos de San Juan de Dios, que le dieron impulso a la atención de los pobres y enfermos de las guarniciones militares y de los marineros que llegaban. El hospital de San Sebastián de Cartagena pasa a manos de esta comunidad, para seguir prestando servicios de sanidad a los españoles. Hasta mediados del siglo XVII las condiciones sanitarias seguían deplorables y a causa de esto se presentaban gran cantidad de epidemias y enfermedades entre españoles, soldados y marineros. Sin embargo, después de 1.663 se presentaron cambios en los patrones de vivienda, hábitos alimenticios, además de transformaciones religiosas y sociales que hicieron aparecer nuevas enfermedades. A principios del siglo XIX, todos los esfuerzos de la medicina de esta época, se centraron en el campo de batalla; las poblaciones quedaron inermes ante la enfermedad. Se creo la cátedra de medicina en el Colegio de Nuestra Señora del Rosario, institución que sirvió para formar a los médicos que prestaron sus servicios a la causa de la Independencia como el Doctor
José Fernandez Madrid, quien fue brillante en la política, en el parlamento y en la atención profesional a los patriotas heridos en los hospitales. Como soldado patriota fue desterrado a las cárceles de España por Morillo, pero permaneció con permiso de las autoridades por nueve años, sirviendo como médico en los hospitales de caridad. En 1.814, se produjo una epidemia de tosferina, razón por la cual se crearon cinco hospitales con el nombre de San Juan de Dios, y el que funcionó en el Convento Dominico de las Aguas, fue llamado
Hospital Militar. Esta epidemia hizo que el gobemador español Antonio Casone, dictara providencias sanitarias para activar los Hospitales Militares, estos cinco hospitales quedaron a partir de 1.816 bajo la supervisión del médico cirujano, químico y boticario Don
Pablo Fernandez en calidad de Director e Inspector de Hospitales de la ciudad de Bogotá.